Sprawy międzynarodowe Światowego Apostolatu Fatimskiego są koordynowane przez Zarząd. Zarząd jest utworzony przez dziewięciu członków Światowego Apostolatu Fatimskiego, wybranych przez Radę Międzynarodową i jego kadencja trwa 5 lat. Każdy członek Zarządu reprezentuje także jeden z regionalnych oddziałów ŚAF. Zarząd spotyka się raz w roku, aby omówić sprawy wewnętrzne stowarzyszenia i nakreślić plan pracy duszpasterskiej. Zarząd jest wspierany przez Sekretariat Międzynarodowy.
Ze strony Episkopatu moderatorem Światowego Apostolatu Fatimskiego jest obecny ksiądz Biskup diecezji Leiria-Fatima w Portugalii.
W październiku 2022 podczas Zjazdu Generalnego następujące osoby zostały wybrane do Zarządu Międzynarodowego:
Prezes: Prof. Michael Ogunu z Nigerii
Vice-Prezes: Reynald Andales z Filipin
Skarbnik: David Kelly z USA
Sekretarz: Edith Koch ze Szwajcarii
Radni:
- Oksana Bodak z Ukrainy
- Ks. Damian Maria z Korei Południowej
- Ks. MV Sunni z Indii
- JR Pereira z Samoa
- Walter Karger z Niemiec
Międzynarodowy Zarząd Dyrektorów 2022-2027