Gli affari internazionali dell'Apostolato Mondiale di Fatima sono gestiti dal Consiglio di Amministrazione. Esso è formato da nove membri dell'Apostolato Mondiale di Fatima, eletti dal Consiglio Internazionale con un mandato di cinque anni. Ciascuno dei membri del Consiglio rappresenta anche uno dei Centri Regionali dell'Apostolato.
Il Consiglio di Amministrazione si incontra una volta all'anno per discutere gli affari interni dell'associazione e definire il piano pastorale. Sono assistiti dalla Segreteria Internazionale.

Il Moderatore Episcopale dell'Apostolato Mondiale di Fatima è l'attuale Vescovo della diocesi di Leiria-Fatima, Portogallo. Nel ottobre 2022, nel corso dell'Assemblea Generale, sono stati eletti i seguenti membri del Consiglio internazionale di Amministrazione:

Presidente:  Prof. Michael Ogunu, Nigeria
Vice-Presidente: Reynald Andales, Filippine
Tesoriere:  David Kelly, USA
Segretario:  Edith Koch, Svizzera
Consiglieri:

• Oksana Bodak, Ucraina
• Fr. Damian Maria, Corea del Sud
• Fr. MV Sunni, India
• JR Pereira, Samoa
• Walter Karger, Germania

Consiglio Internazionale di Amministrazione 2022-2027